Logotips izstrādāts, apspēlējot lielo latīņu alfabēta burtu L (no vārda Latvija) apvienojumā ar lapu attēlu, kas simbolizē Latvijas dabu.
Burtu L veido trīs daļas trīs krāsās, kas simbolizē muzeja trīs pamatfunkcijas:
- vēsi zaļais - pārmantotā muzeja krājuma saglabāšanu un krājuma veidošanu nākotnes paaudzēm;
- silti zaļais - krājuma izpēti;
- violetais - sabiedrības vides izglītību.
Logotipu izstrādājusi Anitra Eglīte-Poikāne, dizaina biroja BUMBIERKOKS vadošā dizainere.